AT3G03800.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : syntaxin of plants 131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of SYP13 Gene Family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
syntaxin of plants 131 (SYP131); FUNCTIONS IN: SNAP receptor activity; INVOLVED IN: intracellular protein transport, cellular membrane fusion; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Target SNARE coiled-coil domain (InterPro:IPR000727), t-SNARE (InterPro:IPR010989), Syntaxin/epimorphin, conserved site (InterPro:IPR006012), Syntaxin, N-terminal (InterPro:IPR006011); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: syntaxin of plants 132 (TAIR:AT5G08080.1); Has 2798 Blast hits to 2798 proteins in 353 species: Archae - 4; Bacteria - 78; Metazoa - 1293; Fungi - 501; Plants - 492; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 430 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:969314..971460 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34721.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 306 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNDLLKGSLE FSRDRSNRSD IESGHGPGNS GDLGLSGFFK KVQEIEKQYE KLDKHLNKLQ GAHEETKAVT KAPAMKSIKQ RMERDVDEVG RISRFIKGKI 101: EELDRENLEN RTKPGCGKGT GVDRTRTATT IAVKKKFKDK ISEFQTLRQN IQQEYREVVE RRVFTVTGQR ADEEAIDRLI ETGDSEQIFQ KAIREQGRGQ 201: IMDTLAEIQE RHDAVRDLEK KLLDLQQVFL DMAVLVDAQG EMLDNIENMV SSAVDHVQSG NNQLTKAVKS QKSSRKWMCI AILILLIIII ITVISVLKPW 301: TQKNGA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)