AT3G02600.2
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.268 plasma membrane 0.254 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : lipid phosphate phosphatase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes phosphatidic acid phosphatase. Expressed during germination. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
lipid phosphate phosphatase 3 (LPP3); FUNCTIONS IN: phosphatidate phosphatase activity; INVOLVED IN: phospholipid metabolic process; LOCATED IN: plasma membrane, integral to plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphatidic acid phosphatase/chloroperoxidase, N-terminal (InterPro:IPR016118), Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase (InterPro:IPR000326); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phosphatidic acid phosphatase 1 (TAIR:AT2G01180.1); Has 2093 Blast hits to 2088 proteins in 398 species: Archae - 13; Bacteria - 367; Metazoa - 924; Fungi - 390; Plants - 200; Viruses - 7; Other Eukaryotes - 192 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:551534..554411 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37428.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 333 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARFSFPCFP NFGGFNQHRM REAQLGGHTL RSHGMTVART HMHDWIILVL LVILECVLLI IHPFYRFVGK DMMTDLSYPL KSNTVPIWSV PVYAMLLPLV 101: IFIFIYFRRR DVYDLHHAVL GLLYSVLVTA VLTDAIKNAV GRPRPDFFWR CFPDGKALYD SLGDVICHGD KSVIREGHKS FPSGHTSWSF SGLGFLSLYL 201: SGKIQAFDGK GHVAKLCIVI LPLLFAALVG ISRVDDYWHH WQDVFAGGLL GLAISTICYL QFFPPPYHTE GWGPYAYFQV LEAARVQGAA NGAVQQPPPQ 301: VNNGEEEDGG FMGLHLVDNP TMRREEDVET GRG |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)