AT3G02200.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Proteasome component (PCI) domain protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Proteasome component (PCI) domain protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Proteasome component (PCI) domain (InterPro:IPR000717); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Proteasome component (PCI) domain protein (TAIR:AT5G15610.2); Has 657 Blast hits to 657 proteins in 209 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 271; Fungi - 161; Plants - 136; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 87 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:406692..408919 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46787.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 417 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTTIVPTSEE NPFLAVVRFT SQLAWADAGP EAAEPEITRL CREAEESMVA EKWLELSSLM VTSAELVSSK ISEKDLECTY TIICSIVKNA KSPEQVLEMV 101: KAIASKVAQQ PSDKASLRLK ILFNLYNLVD HPYARFQVYM KALTLAVDGK VTEYIVSSFK KIDNFLKEWN IDIKDQRELF LAIANVLKEN KSLVNESLKF 201: LTKYLATFSN EDAQVLDEAK EEAVRAVIEF VKASSIFQCD LLDLPAVAQL EKDAKYAPVY QLLKIFLTQR LNAYTEFQNA NSGFLQSYGL SNEDCVTKMR 301: LLSLVDLASD ESGKIPYTSI KDTLQVNEQD VELWIVKAIT AKLIECKMDQ MNQVLIVSRS SEREFGTKQW QSLRTKLATW KDNISSIITT IESNKVTEEG 401: SQASSSSAAA IQGLSVR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)