AT3G02060.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DEAD/DEAH box helicase, putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DEAD/DEAH box helicase, putative; FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: DNA repair, regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription-repair-coupling factor (InterPro:IPR005118), DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), Transcription factor CarD (InterPro:IPR003711), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DEAD/DEAH box RNA helicase family protein (TAIR:AT2G01440.1); Has 31166 Blast hits to 30948 proteins in 2896 species: Archae - 262; Bacteria - 19852; Metazoa - 1558; Fungi - 988; Plants - 649; Viruses - 13; Other Eukaryotes - 7844 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:354409..358319 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 93934.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 823 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMSLLPNPDP ITVPLVLKLC SFPPPRRLFS LRLRRFTRKS SSLLPLVAVS SLSATAAKPT RWREKPELAE SDSISLLNER IRRDLGKRET ARPAMDSEEA 101: EKYIHMVKEQ QERGLQKLKG IRQGTKAAGD GAFSYKVDPY SLLSGDYVVH KKVGIGRFVG IKFDVPKDSS EPLEYVFIEY ADGMAKLPLK QASRLLYRYN 201: LPNETKRPRT LSRLSDTSVW ERRKTKGKVA IQKMVVDLME LYLHRLRQKR YPYPKNPIMA DFAAQFPYNA TPDQKQAFLD VEKDLTERET PMDRLICGDV 301: GFGKTEVALR AIFCVVSTGK QAMVLAPTIV LAKQHYDVIS ERFSLYPHIK VGLLSRFQTK AEKEEYLEMI KTGHLNIIVG THSLLGSRVV YSNLGLLVVD 401: EEQRFGVKQK EKIASFKTSV DVLTLSATPI PRTLYLALTG FRDASLISTP PPERIPIKTH LSSFRKEKVI EAIKNELDRG GQVFYVLPRI KGLEEVMDFL 501: EEAFPDIDIA MAHGKQYSKQ LEETMERFAQ GKIKILICTN IVESGLDIQN ANTIIIQDVQ QFGLAQLYQL RGRVGRADKE AHAYLFYPDK SLLSDQALER 601: LSALEECREL GQGFQLAEKD MGIRGFGTIF GEQQTGDVGN VGIDLFFEML FESLSKVEEL RIFSVPYDLV KIDININPRL PSEYVNYLEN PMEIIHEAEK 701: AAEKDMWSLM QFTENLRRQY GKEPYSMEII LKKLYVRRMA ADLGVNRIYA SGKMVVMKTN MSKKVFKLIT DSMTCDVYRS SLIYEGDQIM AELLLELPRE 801: QLLNWMFQCL SELHASLPAL IKY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)