AT2G47590.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : photolyase/blue-light receptor 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
photolyase/blue light photoreceptor PHR2 (PHR2) mRNA, | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
photolyase/blue-light receptor 2 (PHR2); FUNCTIONS IN: DNA photolyase activity; INVOLVED IN: DNA repair; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold (InterPro:IPR014729), DNA photolyase, N-terminal (InterPro:IPR006050), DNA photolyase, FAD-binding/Cryptochrome, C-terminal (InterPro:IPR005101); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cryptochrome 3 (TAIR:AT5G24850.1); Has 4854 Blast hits to 4851 proteins in 1205 species: Archae - 82; Bacteria - 2283; Metazoa - 348; Fungi - 105; Plants - 417; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1619 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:19521888..19523732 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48881.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 447 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSSNVEENL NPETKSAEEQ NPLAIFHSSL PIASLSLTLF PSSTQFLKLF AHHPNKVKIP TQASSLTHLS LSSVSPFPSS RISFKSTIAA NPLQSPLSIV 101: PRRPVDPSSA AALRRAAVVW FRNDLRVHDN ECLNSANDEC VSVLPVYCFD PRDYGKSSSG FDKTGPFRAQ FLIESVSELR KNLQARGSNL VVRVGKPEAV 201: LVELAKEIGA DAVYAHREVS HDEVKAEGKI ETAMKEEGVE VKYFWGSTLY HLDDLPFKIE DLPSNYGAFK DKVQKLEIRK TIAALDQLKS LPSRGDVELG 301: DIPSLLDLGI SPTPRTSQEG KPTMVGGETE ALTRLKSFAA DCQARLSKGN QKGGNNSVFG ANFSCKISPW LAMGSISPRS MFDELKKTIS ASTTSTTPRN 401: GPGDTGLNWL MYELLWRDFF RFITKKYSSA KTQVEAGPAT ACTGAFA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)