AT2G47450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : chloroplast signal recognition particle component (CAO) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
A component of the chloroplast signal recognition particle pathway that is involved in LHCP targeting. It is downregulated in response to high light. It recognizes the DPLG motif in Lhcb1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CHAOS (CAO); FUNCTIONS IN: chromatin binding; INVOLVED IN: response to high light intensity, protein import into chloroplast thylakoid membrane; LOCATED IN: chloroplast thylakoid membrane, chloroplast, signal recognition particle, chloroplast targeting, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ankyrin repeat-containing domain (InterPro:IPR020683), Chromo domain-like (InterPro:IPR016197), Chromo domain (InterPro:IPR000953), Ankyrin repeat (InterPro:IPR002110); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ankyrin repeat-containing protein 2 (TAIR:AT4G35450.5); Has 25373 Blast hits to 13489 proteins in 848 species: Archae - 87; Bacteria - 2575; Metazoa - 11620; Fungi - 2006; Plants - 1049; Viruses - 137; Other Eukaryotes - 7899 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:19472781..19473902 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41281.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 373 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQKVFLAMDT CALVIHQSLS RIKLSPPKSS SSSSSAFSPE SLPIRRIELC FRGAICAAVQ RNYEETTSSV EEAEEDDESS SSYGEVNKII GSRTAGEGAM 101: EYLIEWKDGH SPSWVPSSYI AADVVSEYET PWWTAARKAD EQALSQLLED RDVDAVDENG RTALLFVAGL GSDKCVRLLA EAGADLDHRD MRGGLTALHM 201: AAGYVRPEVV EALVELGADI EVEDERGLTA LELAREILKT TPKGNPMQFG RRIGLEKVIN VLEGQVFEYA EVDEIVEKRG KGKDVEYLVR WKDGGDCEWV 301: KGVHVAEDVA KDYEDGLEYA VAESVIGKRV GDDGKTIEYL VKWTDMSDAT WEPQDNVDST LVLLYQQQQP MNE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)