AT2G46570.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : laccase 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
putative laccase, a member of laccase family of genes (with 17 members in Arabidopsis). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
laccase 6 (LAC6); FUNCTIONS IN: laccase activity; INVOLVED IN: oxidation reduction, lignin catabolic process; LOCATED IN: endomembrane system, apoplast; EXPRESSED IN: shoot, hypocotyl, root, flower, leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cupredoxin (InterPro:IPR008972), Multicopper oxidase, type 2 (InterPro:IPR011706), Multicopper oxidase, type 3 (InterPro:IPR011707), Laccase (InterPro:IPR017761), Multicopper oxidase, copper-binding site (InterPro:IPR002355), Multicopper oxidase, type 1 (InterPro:IPR001117); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: laccase 5 (TAIR:AT2G40370.1); Has 9565 Blast hits to 7786 proteins in 1266 species: Archae - 28; Bacteria - 3648; Metazoa - 481; Fungi - 3482; Plants - 1556; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 370 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:19126872..19129069 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 63904.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 569 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTSSAVPSLF RLSFLLFTLQ VMNIGRIGAA TRFYQFKVQT IRLTRLCQTN EIVTVNKKFP GPAISAQEDD RIVIKVINMT PYNTTIHWHG IKQKRSCWYD 101: GPSYITQCPI QSGQSFTYNF KVAQQKGTFL WHAHFSWLRA TVYGPLIVYP KASVPYPFKK PFNEHTILLG EYWLKNVVEL EQHVLESGGP PPPADAFTIN 201: GQPGPNYNCS SKDVYEIQIV PRKIYLLRLI NAGINMETFF TIANHRLTIV EVDGEYTKPY TTERVMLVPG QTMNILVTAD QTVGRYSMAM GPYESAKNVK 301: FQNTSAIANF QYIGALPNNV TVPAKLPIFN DNIAVKTVMD GLRSLNAVDV PRNIDAHLFI TIGLNVNKCN SENPNNKCQG PRKGRLAASM NNISFIEPKV 401: SILEAYYKQL EGYFTLDFPT TPEKAYDFVN GAPNDIANDT QAANGTRAIV FEYGSRIQII FQNTGTLTTE NHPIHLHGHS FYVIGYGTGN YDQQTAKFNL 501: EDPPYLNTIG VPVGGWAAIR FVANNPGLWL LHCHFDIHQT WGMSTMFIVK NGKKVQESLP HPPADLPKC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)