AT2G46495.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.839 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: cultured cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT2G25410.1); Has 16199 Blast hits to 8554 proteins in 281 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 3863; Fungi - 941; Plants - 9494; Viruses - 61; Other Eukaryotes - 1840 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:19084134..19085704 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41593.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 372 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTFSKQLFLY LFFLFPLLHA SHPQQCSSSS CGRDDVHVRF PFWLLSKQPE LCGHAGFNLQ CTASPKTALK LPNSGTFLVR EIDYLSQQIR LYDPENCLAR 101: KLLTFDISRS PFSALYLVSY TFLSCPNEVA KSSRFDSIPC LGNSTTSFLA TTSLDLAKSM LPSCQIVKTL DVPVSRRVIA KKSRFSTDVN DKDLWLKWDS 201: PSCSDCERDF LRCGFRSNTS LQVKCFPFEN SGYNTEPQVL KIILLSIIGP LTIFATCIAV GVCTSERFAS LIQRNVAIAA LQPNEVIVTT GLDESIIESY 301: KKTELGESRR LPGNNDDIVC PICLSEYASK ETVRCIPECD HCFHSECIDV WLKIHGSCPL CRNSPSPARQ AV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)