AT2G46210.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.365 golgi 0.326 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Fatty acid/sphingolipid desaturase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Fatty acid/sphingolipid desaturase; FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity, oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water, iron ion binding, heme binding; INVOLVED IN: oxidation reduction, fatty acid biosynthetic process, lipid metabolic process; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Fatty acid desaturase, type 1 (InterPro:IPR005804), Fatty acid/sphingolipid desaturase (InterPro:IPR012171), Cytochrome b5 (InterPro:IPR001199); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Fatty acid/sphingolipid desaturase (TAIR:AT3G61580.1); Has 5941 Blast hits to 5850 proteins in 906 species: Archae - 2; Bacteria - 1188; Metazoa - 1112; Fungi - 1689; Plants - 939; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 1009 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:18977542..18978891 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51501.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 449 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADQTKKRYV TSEDLKKHNK PGDLWISIQG KVYDVSDWVK SHPGGEAAIL NLAGQDVTDA FIAYHPGTAW HHLEKLHNGY HVRDHHVSDV SRDYRRLAAE 101: FSKRGLFDKK GHVTLYTLTC VGVMLAAVLY GVLACTSIWA HLISAVLLGL LWIQSAYVGH DSGHYTVTST KPCNKLIQLL SGNCLTGISI AWWKWTHNAH 201: HIACNSLDHD PDLQHIPIFA VSTKFFNSMT SRFYGRKLTF DPLARFLISY QHWTFYPVMC VGRINLFIQT FLLLFSKRHV PDRALNIAGI LVFWTWFPLL 301: VSFLPNWQER FIFVFVSFAV TAIQHVQFCL NHFAADVYTG PPNGNDWFEK QTAGTLDISC RSFMDWFFGG LQFQLEHHLF PRLPRCHLRT VSPVVKELCK 401: KHNLPYRSLS WWEANVWTIR TLKNAAIQAR DATNPVLKNL LWEAVNTHG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)