AT2G44990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : carotenoid cleavage dioxygenase 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
More Axillary Branching; carotenoid cleavage dioxygenases. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
carotenoid cleavage dioxygenase 7 (CCD7); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Carotenoid oxygenase (InterPro:IPR004294); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nine-cis-epoxycarotenoid dioxygenase 6 (TAIR:AT3G24220.1); Has 211 Blast hits to 206 proteins in 62 species: Archae - 2; Bacteria - 69; Metazoa - 8; Fungi - 31; Plants - 96; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:18558938..18561621 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 70854.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 629 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSLPIPPKFL PPLKSPPIHH HQTPPPLAPP RAAISISIPD TGLGRTGTIL DESTSSAFRD YQSLFVSQRS ETIEPVVIKP IEGSIPVNFP SGTYYLAGPG 101: LFTDDHGSTV HPLDGHGYLR AFHIDGNKRK ATFTAKYVKT EAKKEEHDPV TDTWRFTHRG PFSVLKGGKR FGNTKVMKNV ANTSVLKWAG RLLCLWEGGE 201: PYEIESGSLD TVGRFNVENN GCESCDDDDS SDRDLSGHDI WDTAADLLKP ILQGVFKMPP KRFLSHYKVD GRRKRLLTVT CNAEDMLLPR SNFTFCEYDS 301: EFKLIQTKEF KIDDHMMIHD WAFTDTHYIL FANRVKLNPI GSIAAMCGMS PMVSALSLNP SNESSPIYIL PRFSDKYSRG GRDWRVPVEV SSQLWLIHSG 401: NAYETREDNG DLKIQIQASA CSYRWFDFQK MFGYDWQSNK LDPSVMNLNR GDDKLLPHLV KVSMTLDSTG NCNSCDVEPL NGWNKPSDFP VINSSWSGKK 501: NKYMYSAASS GTRSELPHFP FDMVVKFDLD SNLVRTWSTG ARRFVGEPMF VPKNSVEEGE EEDDGYIVVV EYAVSVERCY LVILDAKKIG ESDAVVSSVN 601: KVYIAKINYI ICVHSFYFDR NIAFHLSHK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)