AT2G42810.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.991 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : protein phosphatase 5.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a phytochrome-specific type 5 serine/threonine protein phosphatase. It dephosphorylates active Pfr-phytochromes. Controls light signal flux by enhancing phytochrome stability and affinity for a signal transducer. The gene is alternately spliced. This variant is an integral membrane protein localized to the ER and nuclear envelope. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
protein phosphatase 5.2 (PP5.2); FUNCTIONS IN: protein binding, phosphoprotein phosphatase activity, protein serine/threonine phosphatase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion, nucleocytoplasmic transport, red or far-red light signaling pathway; LOCATED IN: nuclear envelope, integral to endoplasmic reticulum membrane, nucleus, cytoplasm; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetratricopeptide TPR-1 (InterPro:IPR001440), Metallophosphoesterase (InterPro:IPR004843), Protein phosphatase 5 (InterPro:IPR011236), Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990), Serine/threonine phosphatase, PPP5 (InterPro:IPR013235), Tetratricopeptide repeat-containing (InterPro:IPR013026), Tetratricopeptide repeat (InterPro:IPR019734), Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase (InterPro:IPR006186); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Calcineurin-like metallo-phosphoesterase superfamily protein (TAIR:AT5G27840.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:17812336..17815896 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60286.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 538 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: METKNENSDV SRAEEFKSQA NEAFKGHKYS SAIDLYTKAI ELNSNNAVYW ANRAFAHTKL EEYGSAIQDA SKAIEVDSRY SKGYYRRGAA YLAMGKFKDA 101: LKDFQQVKRL SPNDPDATRK LKECEKAVMK LKFEEAISVP VSERRSVAES IDFHTIGNKP RSSSMPTKTA LAAVVAAVMV VAVRGFATTE ILMVLVSVVL 201: GTFWWGSFSG KVEPQYSGAR IEGEEVTLDF VKTMMEDFKN QKTLHKRYAY QIVLQTRQIL LALPSLVDIS VPHGKHITVC GDVHGQFYDL LNIFELNGLP 301: SEENPYLFNG DFVDRGSFSV EIILTLFAFK CMCPSSIYLA RGNHESKSMN KIYGFEGEVR SKLSEKFVDL FAEVFCYLPL AHVINGKVFV VHGGLFSVDG 401: VKLSDIRAID RFCEPPEEGL MCELLWSDPQ PLPGRGPSKR GVGLSFGGDV TKRFLQDNNL DLLVRSHEVK DEGYEVEHDG KLITVFSAPN YCDQMGNKGA 501: FIRFEAPDMK PNIVTFSAVP HPDVKPMAYA NNFLRMFN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)