AT2G42540.2
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : cold-regulated 15a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
A cold-regulated gene whose product is targeted to the chloroplast. Cor15am protects stromal proteins from aggregation under various stress conditions. Constitutive expression increases freezing tolerance in protoplasts in vitro and chloroplasts in vivo. NMR and x-ray diffraction studies suggest that COR15a alters the intrinsic curvature of the inner membrane of chloroplast envelope. Late Embryogenesis abundant protein (LEA). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cold-regulated 15a (COR15A); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: in 9 processes; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cold regulated 15b (TAIR:AT2G42530.1); Has 189 Blast hits to 136 proteins in 40 species: Archae - 0; Bacteria - 9; Metazoa - 3; Fungi - 13; Plants - 155; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:17711241..17711966 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 14606.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 139 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAMSFSGAVL TGMASSFHSG AKQSSFGAVR VGQKTQFVVV SQRKKSLIYA AKGDGNILDD LNEATKKASD FVTDKTKEAL ADGEKAKDYV VEKNSETADT 101: LGKEAEKAAA YVEEKGKEAA NKAAEFAEGK AGEAKDATK |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)