AT2G42090.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : actin 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
actin related gene or pseudogene, based on sequence divergence and lack of expression | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
actin 9 (ACT9); FUNCTIONS IN: structural constituent of cytoskeleton, ATP binding; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Actin, conserved site (InterPro:IPR004001), Actin/actin-like (InterPro:IPR004000), Actin/actin-like conserved site (InterPro:IPR020902); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: actin-11 (TAIR:AT3G12110.1); Has 13583 Blast hits to 13117 proteins in 2659 species: Archae - 4; Bacteria - 4; Metazoa - 5780; Fungi - 3581; Plants - 1612; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 2600 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:17556744..17558369 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41424.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 366 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKPIVCDKGH GMVQAGFAGD EAPKVVFPCV VGRPRDGLNP NESYVGEEGH ANRDILTLKD PMEHGIVNNW DDMEKIWHYT FYNELRVDPE EHPVLLTEAP 101: YNPKANREKM TQIMFESFDV PAMYVSMQSV LYLYSSGRTT GVVLDLGERV SHTVPVYEGY ALPHGILRLD LGGRDLTDYL IEIMTERGYT YTTSAEREIV 201: RDIKEKLCYV ALDYEQEMEK TTKGWTIDKT YVLPDGQEIT IEAERFMCPE VLFQPSVIGK ESSGIHEATR NSILKCPVDT RRDMYGNILM TGGTTMLHGI 301: KERMTKELNA LVPSSMKVKV VVPPESECSV WIGGSILASL STFHQMWITK DEYEEHGAAI VHRKCV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)