AT2G40830.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING-H2 finger C1A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative RING-H2 finger protein RHC1a. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RING-H2 finger C1A (RHC1A); FUNCTIONS IN: zinc ion binding; LOCATED IN: cell wall; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT3G56580.3); Has 10447 Blast hits to 10319 proteins in 284 species: Archae - 0; Bacteria - 14; Metazoa - 2825; Fungi - 987; Plants - 5086; Viruses - 20; Other Eukaryotes - 1515 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:17043642..17044628 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36579.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 328 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSSRNTHWC HRCQRAVRLH GQEPVCFYCG GGFVEELDMA QASPFDMFRS HRGVVERDQT FDLMDAFSVF MRNRLAERSH DREIRGRTIS SGPENFPGLA 101: PLLIFGGQVP YRLTGDNAVE ALFNGGSPGI GITRGNTGDY FFGPGLEELF EQLSAGTTRR GPPPAPRSAI DALPTIKIAQ RHLRSSDSNC PVCKDEFELG 201: SEAKQMPCNH IYHSDCIVPW LVQHNSCPVC RQELPSASGP SSSQNRTTPT RNYRSSSSSS SSNSRENGNE RRNPFSSFWP FRSSGSSSSS TQNRGGTRNS 301: DTSDENHNYH QQQHQQSYMG YSGWPFDY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)