AT2G39820.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Translation initiation factor IF6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Translation initiation factor IF6; FUNCTIONS IN: ribosome binding, translation initiation factor activity; INVOLVED IN: translational initiation, mature ribosome assembly; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Translation initiation factor IF6 (InterPro:IPR002769); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Translation initiation factor IF6 (TAIR:AT3G55620.1); Has 945 Blast hits to 938 proteins in 349 species: Archae - 262; Bacteria - 0; Metazoa - 235; Fungi - 146; Plants - 134; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 168 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:16618459..16619592 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26512.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 247 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATRLQYDNN NCEIGVFSKL TNAYCLVSAT SASANFFTGY ESKLKGVIPI VTTSIGGSGT IGSLCVGNKN GLLLSHTITD QELQHLRDSL PDEVVVQRIE 101: EPICALGNAI ACNDYVALVH PKLEKDTEEI ISDVLGVEVY RQTIANNELV GSYCSLSNNG GMVHSNTNVE EMVELANLVQ VPLVAGTVNR GSQVISAGLT 201: VNDWTAFCGS DTTAVELSVV NNIFKLVQSQ PDFVGSEMRK SLIDTYV |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)