AT2G39670.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Radical SAM superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Radical SAM superfamily protein; FUNCTIONS IN: iron-sulfur cluster binding, catalytic activity, RNA methyltransferase activity; INVOLVED IN: rRNA processing; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Elongator protein 3/MiaB/NifB (InterPro:IPR006638), Ribosomal RNA large subunit methyltransferase RlmN; (InterPro:IPR004383), Radical SAM (InterPro:IPR007197); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Radical SAM superfamily protein (TAIR:AT3G19630.1); Has 7017 Blast hits to 7011 proteins in 2312 species: Archae - 11; Bacteria - 5106; Metazoa - 1; Fungi - 1; Plants - 134; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 1759 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:16534303..16536986 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47353.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 428 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMTTTTNTMA MLQNLVFSVP ISRMVVRRHS LATTFSAAAT TVVPSPKPVS AKPARTPHVD SHVLIGMSEP ELQELAINLG QEGYRGKQLH HLIYKRKVNK 101: VEDFSNLPLT FRKGLVDGGF KVGRSPIYQT VTATDGTIKL LLKLEDNLLI ETVGIPVQDD EKGITRLTAC VSSQVGCPLR CSFCATGKGG FSRNLQRHEI 201: IEQVLAIEDV FKHRVTNVVF MGMGEPMLNL KSVLDAHRCL NKDIEIGQRM ITISTVGVPN TIKKLASHKL QSTLAVSLHA PNQSLREKIV PSAKAYPLEA 301: IMKDCRDYFQ ETNRRVSFEY ALLAGVNDQV EHAVELAELL REWGKTYHVN LIPYNPIEGS EYQRPYKKAV LAFAAALESR KITASVRQTR GLDASAACGQ 401: LRNKFQKSPL LTETDSQESQ PDAEAVAC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)