AT2G39060.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.565 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Nodulin MtN3 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Nodulin MtN3 family protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system, integral to membrane, membrane; EXPRESSED IN: 11 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: MtN3/saliva-related transmembrane protein, conserved region (InterPro:IPR018169), RAG1-activating protein 1 homologue (InterPro:IPR018179), RAG1-activating protein-1-related (InterPro:IPR004316); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Nodulin MtN3 family protein (TAIR:AT3G48740.1); Has 984 Blast hits to 939 proteins in 114 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 238; Fungi - 0; Plants - 622; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 124 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:16306818..16308206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28718.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 258 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFLKVHEIAF LFGLLGNIVS FGVFLSPVPT FYGIYKKKSS KGFQSIPYIC ALASATLLLY YGIMKTHAYL IISINTFGCF IEISYLFLYI LYAPREAKIS 101: TLKLIVICNI GGLGLLILLV NLLVPKQHRV STVGWVCAAY SLAVFASPLS VMRKVIKTKS VEYMPFLLSL SLTLNAVMWF FYGLLIKDKF IAMPNILGFL 201: FGVAQMILYM MYQGSTKTDL PTENQLANKT DVNEVPIVAV ELPDVGSDNV EGSVRPMK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)