AT2G38920.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.761 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SPX (SYG1/Pho81/XPR1) domain-containing protein / zinc finger (C3HC4-type RING finger) protein-related | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SPX (SYG1/Pho81/XPR1) domain-containing protein / zinc finger (C3HC4-type RING finger) protein-related; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: male gametophyte, flower, pollen tube; EXPRESSED DURING: M germinated pollen stage, 4 anthesis; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), SPX, N-terminal (InterPro:IPR004331); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SPX (SYG1/Pho81/XPR1) domain-containing protein (TAIR:AT1G02860.1); Has 1650 Blast hits to 1628 proteins in 199 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1103; Fungi - 156; Plants - 232; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 158 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:16248420..16250585 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38861.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 335 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKFGETFTEY LHGEEEWFLE KCRFVEYKKL KKVLKKCKTC NSTKSDDGQI IPSATSSSLS DSCECKACPW CDQMFFEELM KEATDIAGFF RSRVRHLLHL 101: HVATGMQRYM IRLRRCFTDE KQALVQEGQI LIQYITMNAI AIRKILKKYD KVHSSENGKN FKLKMRAERI ELLHSPWLIE LGAFYLNSGL DNVGNFKNSF 201: GRVACENLNE DQPVLKLMLP NSIELEYDLT CAICLETVFN PYALKCGHIF CNSCACSAAS VLIFQGIKAA PRHSKCPICR EAGVYAEAVH MIELHLLLKT 301: RSKEYWKERM MNERSEMVKQ SKMFWNEQTK HMIGY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)