AT2G38010.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Neutral/alkaline non-lysosomal ceramidase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Neutral/alkaline non-lysosomal ceramidase; FUNCTIONS IN: ceramidase activity; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Neutral/alkaline nonlysosomal ceramidase (InterPro:IPR006823); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Neutral/alkaline non-lysosomal ceramidase (TAIR:AT1G07380.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:15906862..15909867 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 83269.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 757 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVSLPLFQF ILFLLLLLLS RTVYAYLIGV GSYDITGPAA DVNMMGYANS DQIASGIHFR LRARAFIVAE PQGNRVVFVN LDACMASQIV TIKVLERLKA 101: RYGELYTEKN VAISGIHTHA GPGGYLQYVT YIVTSLGFVR QSFDVVVNGI EQSIVQAHES LRPGSAFVNK GDLLDAGVNR SPSSYLNNPA AERSKYKYDV 201: DKEMTLVKFV DSQLGPTGSF NWFATHGTSM SRTNSLISGD NKGAAARFME DWFENGQKNS VSSRNIPRRV STIVSDFSRN RDRLLDIAAT YKSSRGHSVD 301: KSLDVKTRVR NGSKRKFVSA FCQSNCGDVS PNTLGTFCID TGLPCDFNHS TCNGQNELCY GRGPGYPDEF ESTRIIGEKQ FKMAVELFNK ATEKLQGKIG 401: YQHAYLDFSN LDVTVPKAGG GSETVKTCPA AMGFGFAAGT TDGPGAFDFK QGDDQGNVFW RLVRNVLRTP GPEQVQCQKP KPILLDTGEM KEPYDWAPSI 501: LPIQILRIGQ LVILSVPGEF TTMAGRRLRD AIKSFLISSD PKEFSNNMHV VIAGLTNTYS QYIATFEEYE VQRYEGASTL YGRHTLTAYI QEFKKLATAL 601: VNGLTLPRGP QPPDLLDKQI SLLSPVVVDS TPLGVKFGDV KADVPPKSTF RRGQQVNATF WSGCPRNDLM TEGSFAVVET LREGGKWAPV YDDDDFSLKF 701: KWSRPAKLSS ESQATIEWRV PESAVAGVYR IRHYGASKSL FGSISSFSGS SSAFVVV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)