AT2G37940.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.993 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Arabidopsis Inositol phosphorylceramide synthase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
I | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Arabidopsis Inositol phosphorylceramide synthase 2 (AtIPCS2); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Arabidopsis Inositol phosphorylceramide synthase 1 (TAIR:AT3G54020.1); Has 438 Blast hits to 435 proteins in 100 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 250; Fungi - 0; Plants - 103; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 85 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:15877169..15879411 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34997.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 305 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTLYIRRESS KLWKRFCSEI STEIGLLAEN WKYLLAGLIC QYIHGLAAKG VHYIHRPGPT LQDLGFFLLP ELGQERSYIS ETVFTSVFLS FFLWTFHPFI 101: LKTKKIYTVL IWCRVLAFLV ACQFLRVITF YSTQLPGPNY HCREGSKVSR LPWPKSALEV LEINPHGVMY GCGDLIFSSH MIFTLVFVRT YQKYGTKRFI 201: KLFGWLTAIV QSLLIIASRK HYSVDVVVAW YTVNLVVFCL DKKLPELPDR TAVLLPVISK DRTKEENHKL LNGNGVDPAD WRPRAQVNGK IDSNGVHTDN 301: TMNGA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)