AT2G37040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 0.613 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : PHE ammonia lyase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes PAL1, a phenylalanine ammonia-lyase. Arabidopsis has four PALs: AT2G37040 (PAL1), AT3G53260 (PAL2), AT5G04230 (PAL3) and AT3G10340 (PAL4). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
PHE ammonia lyase 1 (PAL1); FUNCTIONS IN: phenylalanine ammonia-lyase activity; INVOLVED IN: in 10 processes; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phenylalanine/histidine ammonia-lyase (InterPro:IPR001106), Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site (InterPro:IPR022313), L-Aspartase-like (InterPro:IPR008948), Phenylalanine ammonia-lyase (InterPro:IPR005922); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phenylalanine ammonia-lyase 2 (TAIR:AT3G53260.1); Has 4888 Blast hits to 4867 proteins in 1414 species: Archae - 40; Bacteria - 2973; Metazoa - 79; Fungi - 127; Plants - 1176; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 493 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:15557602..15560237 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 78730.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 725 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEINGAHKSN GGGVDAMLCG GDIKTKNMVI NAEDPLNWGA AAEQMKGSHL DEVKRMVAEF RKPVVNLGGE TLTIGQVAAI STIGNSVKVE LSETARAGVN 101: ASSDWVMESM NKGTDSYGVT TGFGATSHRR TKNGVALQKE LIRFLNAGIF GSTKETSHTL PHSATRAAML VRINTLLQGF SGIRFEILEA ITSFLNNNIT 201: PSLPLRGTIT ASGDLVPLSY IAGLLTGRPN SKATGPNGEA LTAEEAFKLA GISSGFFDLQ PKEGLALVNG TAVGSGMASM VLFETNVLSV LAEILSAVFA 301: EVMSGKPEFT DHLTHRLKHH PGQIEAAAIM EHILDGSSYM KLAQKLHEMD PLQKPKQDRY ALRTSPQWLG PQIEVIRYAT KSIEREINSV NDNPLIDVSR 401: NKAIHGGNFQ GTPIGVSMDN TRLAIAAIGK LMFAQFSELV NDFYNNGLPS NLTASRNPSL DYGFKGAEIA MASYCSELQY LANPVTSHVQ SAEQHNQDVN 501: SLGLISSRKT SEAVDILKLM STTFLVAICQ AVDLRHLEEN LRQTVKNTVS QVAKKVLTTG VNGELHPSRF CEKDLLKVVD REQVYTYADD PCSATYPLIQ 601: KLRQVIVDHA LINGESEKNA VTSIFHKIGA FEEELKAVLP KEVEAARAAY DNGTSAIPNR IKECRSYPLY RFVREELGTE LLTGEKVTSP GEEFDKVFTA 701: ICEGKIIDPM MECLNEWNGA PIPIC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)