AT2G36610.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : homeobox protein 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a homeodomain leucine zipper class I (HD-Zip I) protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
homeobox protein 22 (HB22); FUNCTIONS IN: DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent, regulation of transcription; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: fruit; EXPRESSED DURING: seedling growth; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Homeobox, conserved site (InterPro:IPR017970), Homeobox (InterPro:IPR001356), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Helix-turn-helix motif, lambda-like repressor (InterPro:IPR000047), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: homeobox 51 (TAIR:AT5G03790.1); Has 3535 Blast hits to 3534 proteins in 270 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1530; Fungi - 95; Plants - 1868; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 39 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:15349327..15350088 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21833.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 185 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEYWSSSFID GASSSSFISP FYNFDHFSGN QDNRCLGTMM GAQQDILHVP LAMVESGYGE ESNSFNGQEK KKKKMTSEQL KFLERSFQEE IKLNPDRKMK 101: LNPDRKMKLS KELGLQPRQI AVWFQNRKAR WKNKQLEHLY ESLRQEFDIV SREKELLQEE LIQLKSMIRE DSSCKKKQTW EKACS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)