AT2G36450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Integrase-type DNA-binding superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a member of the DREB subfamily A-4 of ERF/AP2 transcription factor family. The protein contains one AP2 domain. There are 17 members in this subfamily including TINY. Ectopic overexpression of HRD increases the density of the root network and improves water and salt stress tolerance in Arabidopsis. Overexpression of HRD in rice causes an increase in plant biomass and drought resistance. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
HARDY (HRD); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding, integrase-type (InterPro:IPR016177), Pathogenesis-related transcriptional factor/ERF, DNA-binding (InterPro:IPR001471); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: C-repeat-binding factor 4 (TAIR:AT5G51990.1); Has 5681 Blast hits to 5646 proteins in 245 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 5670; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 7 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:15294303..15294857 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 19791.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 184 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQGTSKDNGG RHPLYRGVRQ RKNSNKWVSE IREPRKPNRI WLGTFSTPEM AAIAYDVAAL ALKGSQAELN FPNSVSSLPA PTSMSPADIQ AAAASAAAAF 101: GAARDAIVMA NNNSQTSGVA CMNSSYDNTN MNGFMDEDLV FDMPNVLMNM AEGMLLSPPR PTVFDAAYDA DGFPGGDDYL WNFP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)