AT2G34880.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Transcription factor jumonji (jmj) family protein / zinc finger (C5HC2 type) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
maternal effect embryo arrest 27 (MEE27); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: embryo development ending in seed dormancy, regulation of transcription, pollen development; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: sperm cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor jumonji/aspartyl beta-hydroxylase (InterPro:IPR003347), FY-rich, C-terminal (InterPro:IPR003889), FY-rich, N-terminal (InterPro:IPR003888), Transcription factor jumonji, JmjN (InterPro:IPR003349), Zinc finger, C5HC2-type (InterPro:IPR004198), FY-rich, C-terminal subgroup (InterPro:IPR018516), Transcription factor jumonji (InterPro:IPR013129), FY-rich, N-terminal subgroup (InterPro:IPR018518); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transcription factor jumonji (jmj) family protein / zinc finger (C5HC2 type) family protein (TAIR:AT1G30810.2); Has 2070 Blast hits to 1543 proteins in 194 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1091; Fungi - 459; Plants - 363; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 157 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:14711880..14716634 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 91722.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 806 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEPFSAAQNK EDKDTSVEPP RRRCHRKNKG TNVEPPSSPY HPKVLARWDP ANEKRPDIGE APVFHPTSEE FEDTLAYIEK IRPLAESFGI CRIVPPSNWS 101: PPCRLKGDSI WKNKNFPTRV QFVDLLQNRG PVKKKTPKGR KRKRGKYSRT VAPKKRNGSV SKSVSTPKAT EEENFGFESG PEFTLEKFEK YAQDFKDSYF 201: ERKDNVGDPS VEEIEGEYWR IIEKETNEVK VLYGTDLENP ILGSGFSKGV KIPTRRNDMD KYISSGWNLN NLARLQGSLL SFEDCEISGV QVPWLYVGMC 301: FSTFCWHVED NHLYSLNYHH FGEPKVWYGV PGSHATGLEK AMRKHLPDLF DEQPDLLHEL VTQFSPTILK NEGVPVYRAV QNAGEYVLTF PRAYHSGFNC 401: GFNCAEAVNV APVDWLAHGQ NAVEIYSQET RKTSLSHDKI LLGAAFEAVK SLSAHGEDNT KRFSWKRFCG KDGIITKAIE ARLRMEEKRI EALGNGFSLV 501: KMDKDFDSNC ERECISCFSD LHLSATGCKN CSSLEEYGCT KHDICSCEGK DRFIFLRYTI DELSSLVRAL EGESDDLKAW LSKVMEGCSE TQKGESSGII 601: VKEKQVQEEC FDLNGECNKS SEICEDASIM DLAAYHVEPI NLGFLVVGKL WCNKHAIFPK GFKSRVKFYN VQDPMRISYY VSEIVDAGLL GPLFKVTLEE 701: SQDESFSYAS PQKCWEMVLL RVKEEIMRRS NQKQDVHMLE SIDGLKMFGF RSPFIVQATE ALDPNHGQVE YWNHKNEKDS LEMKDCFMSN SSQSLSKARL 801: FGVDLN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)