AT2G34390.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NOD26-like intrinsic protein 2;1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
aquaporin NIP2.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NOD26-like intrinsic protein 2;1 (NIP2;1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Major intrinsic protein, conserved site (InterPro:IPR022357), Aquaporin (InterPro:IPR012269), Major intrinsic protein (InterPro:IPR000425); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NOD26-like intrinsic protein 1;2 (TAIR:AT4G18910.1); Has 10129 Blast hits to 10099 proteins in 2148 species: Archae - 82; Bacteria - 5107; Metazoa - 1358; Fungi - 399; Plants - 2013; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 1166 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:14514617..14515793 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30582.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 288 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDDISVSKSN HGNVVVLNIK ASSLADTSLP SNKHESSSPP LLSVHFLQKL LAELVGTYYL IFAGCAAIAV NAQHNHVVTL VGIAVVWGIV IMVLVYCLGH 101: LSAHFNPAVT LALASSQRFP LNQVPAYITV QVIGSTLASA TLRLLFDLNN DVCSKKHDVF LGSSPSGSDL QAFVMEFIIT GFLMLVVCAV TTTKRTTEEL 201: EGLIIGATVT LNVIFAGEVS GASMNPARSI GPALVWGCYK GIWIYLLAPT LGAVSGALIH KMLPSIQNAE PEFSKTGSSH KRVTDLPL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)