AT2G34250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SecY protein transport family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SecY protein transport family protein; FUNCTIONS IN: P-P-bond-hydrolysis-driven protein transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: response to salt stress, protein secretion; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SecY protein (InterPro:IPR002208), Translocon Sec61/SecY, plug domain (InterPro:IPR019561); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SecY protein transport family protein (TAIR:AT1G29310.1); Has 4557 Blast hits to 4550 proteins in 2034 species: Archae - 275; Bacteria - 3091; Metazoa - 262; Fungi - 228; Plants - 170; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 531 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:14462635..14464572 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52100.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 475 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGGGFRVLHL VRPFLAFLPE VQSADRKVPF REKVIYTVIS LFIFLVCSQL PLYGIHSTTG ADPFYWMRVI LASNRGTVME LGITPIVTSG LVMQLLAGSK 101: IIEVDNNVRE DRALLNGAQK LLGILIAIGE AVAYVLSGMY GPVGQLGVGN AILIILQLFF AGIIVICLDE LLQKGYGLGS GISLFIATNI CESIIWKAFS 201: PTTINTGRGA EFEGAVIALF HMLITKSNKV AALRQAFYRQ NLPNVTNLLA TVLIFLIVIY FQGFRVVLPV RSKNARGQQG SYPIKLFYTS NMPIILQSAL 301: VSNLYFISQL LYRKFSGNFF VNLLGQWKES EYSGQSIPVS GLAYLITAPA SFSDMAAHPF HALFYIVFML TACALFSKTW IEVSGSSARD VAKQLKEQQM 401: VMPGHRESNL QKELNRYIPT AAAFGGVCIG ALTVLADFMG AIGSGTGILL AVTIIYQYFE TFEKEKASEL GFFGF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)