AT2G33760.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.991 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT4G21065.1); Has 37581 Blast hits to 14235 proteins in 274 species: Archae - 1; Bacteria - 10; Metazoa - 234; Fungi - 87; Plants - 36686; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 563 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:14275800..14277551 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64861.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 583 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTTKVAANSA AYEAIVRAGP RVKQLQQVHA HLIVTGYGRS RSLLTKLITL ACSARAIAYT HLLFLSVPLP DDFLFNSVIK STSKLRLPLH CVAYYRRMLS 101: SNVSPSNYTF TSVIKSCADL SALRIGKGVH CHAVVSGFGL DTYVQAALVT FYSKCGDMEG ARQVFDRMPE KSIVAWNSLV SGFEQNGLAD EAIQVFYQMR 201: ESGFEPDSAT FVSLLSACAQ TGAVSLGSWV HQYIISEGLD LNVKLGTALI NLYSRCGDVG KAREVFDKMK ETNVAAWTAM ISAYGTHGYG QQAVELFNKM 301: EDDCGPIPNN VTFVAVLSAC AHAGLVEEGR SVYKRMTKSY RLIPGVEHHV CMVDMLGRAG FLDEAYKFIH QLDATGKATA PALWTAMLGA CKMHRNYDLG 401: VEIAKRLIAL EPDNPGHHVM LSNIYALSGK TDEVSHIRDG MMRNNLRKQV GYSVIEVENK TYMFSMGDES HQETGEIYRY LETLISRCKE IGYAPVSEEV 501: MHQVEEEEKE FALRYHSEKL AVAFGLLKTV DVAITIVKNL RICEDCHSAF KYISIVSNRQ ITVRDKLRFH HFQNGSCSCL DYW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)