AT2G32180.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : plastid transcriptionally active 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
plastid transcriptionally active 18 (PTAC18); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: plastid chromosome, nucleoid; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cupin, RmlC-type (InterPro:IPR011051), Protein of unknown function DUF861, cupin-3 (InterPro:IPR008579), RmlC-like jelly roll fold (InterPro:IPR014710); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RmlC-like cupins superfamily protein (TAIR:AT2G32650.2); Has 271 Blast hits to 271 proteins in 67 species: Archae - 0; Bacteria - 110; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 143; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 18 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:13672362..13672781 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 16329.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 139 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASLIMTTPF PGSVTTCKKT NNLSVQRAFR VTCMQTEKPL EELYNVKVER KVSQKRLEEL GVSRWSVWKT GKCKLPWDWQ VDQLVYIEQG EVRVVPEGSK 101: RYMQFLAGDL VRYPKWLEAD LFFNAPYIER YCFKAYGDD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)