AT2G31770.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ARIADNE 9 (ARI9); FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: sepal, root, flower; EXPRESSED DURING: petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C6HC-type (InterPro:IPR002867); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT2G31760.1); Has 3142 Blast hits to 3098 proteins in 231 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1294; Fungi - 651; Plants - 677; Viruses - 13; Other Eukaryotes - 507 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:13511579..13513550 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 62918.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 543 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDFSDDDMID NKSGEENYSY GGGNESDDYN DVVDTIIPSE KSYVILKEED ILKLQRDDIE RVSSILSLSQ VEVIVLLLHY NWCVSKVEDE WFTDEERIRK 101: AVGLLKEPVV DFNGGEKDKK CRKVNIQCGI CFESYTREEI ARVSCGHPYC KTCWAGYITT KIEDGPGCLR VKCPEPSCSA AVGKDMIEDV TETKVNEKYS 201: RYILRSYVED GKKIKWCPSP GCGYAVEFGG SESSSYDVSC LCSYRFCWNC SEDAHSPVDC DTVSKWIFKN QDESENKNWM LANSKPCPEC KRPIEKNDGC 301: NHMTCSAPCG HEFCWICLKA YRRHSGACNR FVVEQAESKR ALLQSEIKRY THYYVRWAEN QSSRLKAMRD LEKLQSVQLK ELSDNQCTSE TQLQFTVDAW 401: LQIIECRRVL KWTYAYGYYL QDLPKRKFFE YLQGEAESGL ERLHHCAENE LKQFFIKSED PSDTFNAFRM KLTGLTTVTK TYFENLVKAL ENGLVDVTHN 501: EFPPDNETKS TQEKYEEYQD YEDDFLETQR LYDEALLSGC YYD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)