AT2G31760.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ARIADNE 10 (ARI10); FUNCTIONS IN: zinc ion binding; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C6HC-type (InterPro:IPR002867), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT2G31770.1); Has 3151 Blast hits to 3123 proteins in 229 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1297; Fungi - 638; Plants - 670; Viruses - 10; Other Eukaryotes - 536 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:13508493..13510390 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59450.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 514 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDYSDDDMID NESGEENNSD GGGNESYNYN AAVDTIILSE KSYVIIKEEE ILKLQRDDIE RVSTILFLSQ VEAIVLLLHY HWCVSKLEDE WFTDEERIRK 101: TVGILKEPVV DVNGTEVDIQ CGICFESYTR KEIASVSCGH PYCKTCWTGY ITTKIEDGPG CLRVKCPEPS CYAVVGQDMI DEVTEKKDKD KYYRYFLRSY 201: VEDGKKMKWC PSPGCECAVE FGESSGYDVA CLCSYRFCWN CSEDAHSPVD CETVSKWIFK NQDESENKNW ILANSKPCPK CKRPIEKSHG CNHMTCSASC 301: GHRFCWICGK SYSDHYACNN YVEDADHDKR TLLQSEIKRY THYYVRWVEN QSSRLKAMSD LEKFQSVQLK QLSDNQCKPK IDLQFIVDAW LQIIECRRVL 401: KWTYAYGYYL DNLAKRPLFE YLQGEAETGL ERLHHCAENE LKQFFIKSED PSDTFNAFRM KLTGLTKVTK TYFDNLVKAL ENGLADVTKS SEESADFLET 501: QKLYDAYISE GCFF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)