AT2G30910.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.915 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : actin-related protein C1A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
actin-related protein C1A (ARPC1A); FUNCTIONS IN: actin binding, nucleotide binding; INVOLVED IN: actin filament organization; LOCATED IN: Arp2/3 protein complex, nucleus, cytoplasm; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat 2 (InterPro:IPR019782), WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), Actin-related protein 2/3 complex, subunit 1 (InterPro:IPR017383), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: actin-related protein C1B (TAIR:AT2G31300.1); Has 4172 Blast hits to 3036 proteins in 305 species: Archae - 4; Bacteria - 871; Metazoa - 1539; Fungi - 831; Plants - 451; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 476 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:13153447..13156869 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41958.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 378 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVVDVHRFA ESITCHAWSP DLSMVALCPN NTEVHIYKSL SQDHWERLHV LQKHDQIVSG IDWSSKSNKI VTVSHDRNSY VWSLEGAEWV PTLVILRLNR 101: AALCVQWSPK ENKFAVGSGA KTVCICYYEQ ENNWWVSKLI RKRHESSVTS VAWHPNNVLL ATTSTDGKCR VFSTFIKGVD TKDSKAGSPA ETKFGEQILQ 201: LDLSYSWAFG VKWSPSGNTL AYVGHSSMIY FVDDVGPSPL AQSVAFRDLP LRDVLFISEK MVIGVGYDSN PMVFASDDTG IWSFIRYIGE KKAASSNSSY 301: SSQFSEAFGK FYGSQSKSTT ANDASESRGG VHDNCINSIV SLSKAGSPKV MRFSTSGLDG KVAIWDLENM EQELGNQF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)