AT2G30320.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.995 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Pseudouridine synthase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Pseudouridine synthase family protein; FUNCTIONS IN: pseudouridine synthase activity; INVOLVED IN: pseudouridine synthesis, RNA modification; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pseudouridine synthase, catalytic domain (InterPro:IPR020103), Pseudouridine synthase I, TruA, N-terminal (InterPro:IPR020094), Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain (InterPro:IPR020097), Pseudouridine synthase I, TruA (InterPro:IPR001406); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pseudouridine synthase family protein (TAIR:AT1G76120.1); Has 2235 Blast hits to 2027 proteins in 681 species: Archae - 89; Bacteria - 873; Metazoa - 390; Fungi - 255; Plants - 163; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 465 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:12925728..12927896 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58974.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 510 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVSFLRIPI PSRVFWYPTR LIRVTPALLR FSSSAAFQPS STSLSPPSSD NFLADKWESY RKKKVVIRIG YVGTDYRGLQ IQRDDPSIKT IEGELEVAIY 101: KAGGIRDSNY GDLHKIGWAR SSRTDKGVHS LATSISLKME IPETAWKDDP QGTVLAKCIS KHLPENIRVF SVLPSNRRFD PRRECTLRKY SYLLPVDVLG 201: IKNSFTSDEI DYHITDFNEI LKEFEGEYPF HNYTQRSRYR RKSEQKIKQR NGRPPREPKS IKASESEFRE ENHIEIGEEE EEKEVDGESD EHVVTPDSDN 301: SQVYSRAKWL YEPDETDKIS GAHFRKVFRC RSGKLENSLG FGFVEISIWG ESFMLHQIRK MIGTAVAVKR ELLPRDIIRL SLNKFTRIVL PLAPSEVLIL 401: RGNSFEVRRL PERPGMEATG ESEEVEKEIE EFYRAVMVPQ VSIFLDSEKS PWKEWVDHLD RNDGLIDEEL EDVRKGWEEW KAAKPWMNLK KTEDDEEALS 501: SVSVPIHQAL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)