AT2G30270.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.792 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein of unknown function (DUF567) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Protein of unknown function (DUF567); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF567 (InterPro:IPR007612); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein of unknown function (DUF567) (TAIR:AT5G01750.2); Has 108 Blast hits to 108 proteins in 14 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 104; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:12908027..12909057 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20208.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 182 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADSETPYHP DPEDLRRIPV DLFASKKLPG LSSGDLGFAD SSEHLVFILR KSSSSLKSLL DSSGVPLFSI SRLHNGVWEL HKGDVEKRKD LVLTVKRTSK 101: RFSKTESEVS FAGESSENLV IKGVPFQKSC TIYSQDSIVA QTSLMYKLRQ IYVGRSKFRL TIFPGSIDHS LVVAMVAIFL QG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)