AT2G29050.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.890 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RHOMBOID-like 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RHOMBOID-like 1 (RBL1); FUNCTIONS IN: serine-type endopeptidase activity; LOCATED IN: Golgi apparatus; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S54, rhomboid (InterPro:IPR002610); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RHOMBOID-like protein 4 (TAIR:AT3G53780.2); Has 5724 Blast hits to 5720 proteins in 1694 species: Archae - 148; Bacteria - 3468; Metazoa - 523; Fungi - 153; Plants - 363; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1069 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:12478245..12479653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38404.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 346 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARDRREGLE IKVVNPPAAA TNNVAVETSP ATATRRRRQQ QRASFAEFRP FKLWFPWLVP AIVVANIALF AISMFINNCP KNSAYCLARF LGRFAFQPMK 101: ENPLLGPSSL TLEKMGALDV SMVVHKHEVW RLFTCIWLHA GVFHVLANML SLIFIGIRLE QEFGFVRIGL LYMISGFGGS LLSSLFNRAG ISVGASGALF 201: GLLGAMLSEL LTNWTIYANK VAKSSLVKQA ALSMNDVSIM SLVFLHLQFA ALLTLIFIIA INLAVGILPH VDNFAHLGGF TSGFLLGFVF LIRPQYGYFN 301: QRNNPRGYAA PSAKSKHKPY QYVLWITSLV LLIAGYTSFS FIMITK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)