AT2G28760.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 0.982 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : UDP-XYL synthase 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
UDP-XYL synthase 6 (UXS6); FUNCTIONS IN: coenzyme binding, binding, catalytic activity; INVOLVED IN: cellular metabolic process, nucleotide-sugar metabolic process, metabolic process; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD-dependent epimerase/dehydratase (InterPro:IPR001509), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: UDP-XYL synthase 5 (TAIR:AT3G46440.2); Has 45408 Blast hits to 45356 proteins in 3037 species: Archae - 861; Bacteria - 26677; Metazoa - 782; Fungi - 385; Plants - 1435; Viruses - 88; Other Eukaryotes - 15180 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:12336469..12338642 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38623.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 343 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASNSSNGTT TTKPPPMPSP LRNSKFFQSN MRILVTGGAG FIGSHLVDKL MQNEKNEVIV ADNYFTGSKD NLKKWIGHPR FELIRHDVTE PLFVEVDQIY 101: HLACPASPIF YKYNPVKTIK TNVIGTLNML GLAKRVGARI LLTSTSEVYG DPLVHPQTES YWGNVNPIGV RSCYDEGKRV AETLMFDYHR QHGIEIRIAR 201: IFNTYGPRMN IDDGRVVSNF IAQALRGEAL TVQKPGTQTR SFCYVSDMVE GLMRLMEGDQ TGPINIGNPG EFTMVELAET VKELIKPDVE IKMVENTPDD 301: PRQRKPDISK AKEVLGWEPK VKLREGLPLM EEDFRLRLGV PKK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)