AT2G28340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GATA transcription factor 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the GATA factor family of zinc finger transcription factors. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GATA transcription factor 13 (GATA13); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, NHR/GATA-type (InterPro:IPR013088), Zinc finger, GATA-type (InterPro:IPR000679); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GATA transcription factor 11 (TAIR:AT1G08010.2); Has 1491 Blast hits to 1450 proteins in 168 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 32; Fungi - 612; Plants - 780; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 67 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:12103672..12106172 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33019.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 291 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNNDLWLPEE DFKGLPDNFL DNLVDPTNDV SVEDIETGDD EGDWDAKFQK LVPPPLDELM SLSYEFTCNG QRVQVQKHVP ILKQSSSSEV FSTVDNSPPN 101: VKVSKLLQSL SPVSVLKNTN GSGSPQNPNG DQKLAFLVKG IRSKRKRPTL LRVTFLKSFL LEMSQQFAPD ESESSEISAL KKRKKNKSRR LKCTHCETTT 201: TPQWREGPNG RKTLCNACGI RFRSGRLVLE YRPAASPTFI PTVHSNLHKK IIYMRMKDND QFDTRKIRAE TSGPETRSRL RNFGRPMSYG Q |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)