AT2G26990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : proteasome family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Represses photomorphogenesis and induces skotomorphogenesis in the dark. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
FUSCA 12 (FUS12); INVOLVED IN: cullin deneddylation, photomorphogenesis, protein catabolic process; LOCATED IN: signalosome, nucleus; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Proteasome component (PCI) domain (InterPro:IPR000717), PCI/PINT associated module (InterPro:IPR013143); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: non-ATPase subunit 9 (TAIR:AT1G29150.1); Has 881 Blast hits to 877 proteins in 239 species: Archae - 2; Bacteria - 9; Metazoa - 323; Fungi - 235; Plants - 190; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 122 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:11519684..11522412 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51189.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 439 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASDADMEDY GFEYSDEEQE EQDVDIENQY YNSKGMVETE PEEALSGFAE VVQMEPEKAD WGFKALKQTV KIYYRLGKYK EMMEAYTEML TYIKSAVTRN 101: YSEKCINNIM DFVSGSASQN TGLLQEFYQT TLKALEEAKN ERLWFKTNLK LCNIWFDIGE YRRMTKILKE LHKSCQKEDG TDDQKKGSQL LEVYAIEIQI 201: YTETKDNKKL KQLYHKALAI KSAIPHPRIM GIIRECGGKM HMAERQWEEA ATDFFEAFKN YDEAGNQRRI QCLKYLVLAN MLMESEVNPF DGQEAKPYKN 301: DPEILAMTNL IAAYQRNEII EFERILKSNR RTIMDDPFIR NYMEDLLKKV RTQVLLKLIK PYTKIGIPFI SKELNVPETD VTELLVSLIL DSRIDGHIDE 401: MNRYLLRGDS GNGRKLHKAV DKWNSQLKSL SSNITSRVC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)