AT2G26770.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.999 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : plectin-related | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
plectin-related; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT2G40820.1); Has 4721 Blast hits to 4136 proteins in 536 species: Archae - 91; Bacteria - 672; Metazoa - 2162; Fungi - 328; Plants - 350; Viruses - 13; Other Eukaryotes - 1105 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:11404257..11407743 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55421.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 496 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTRVTRDFRD SLQRDGVPAV SADVKFASSR FPNYRIGAND QIFDVKDDPK VMSMKEVVAR ETAQLMDQQK RLSVRDLAHK FEKGLAAAAK LSEEAKLKEA 101: TSLEKHVLLK KLRDALESLR GRVAGRNKDD VEEAIAMVEA LAVQLTQREG ELFIEKAEVK KLASFLKQAS EDAKKLVDEE RAFARAEIES ARAAVQRVEE 201: ALREHEQMSR ASGKQDMEDL MKEVQEARRI KMLHQPSRVM DMEYELRALR NQLAEKSKHF LQLQKKLAMC RKSEENISLV YEIDGTEALG SCLRVRPCSN 301: DAPDLSKCTI QWYRSSSDGS KKELISGATK SVYAPEPFDV GRVLHADIIY DGHSLSLSTV GKIDPAAGLG SYVEALVRKH DVDFNVVVTQ MSGEDHTSES 401: IHLFHVGKMR IKLCKGKTVI AKEYYSSAMQ LCGVRGGGNA AAQALYWQAK KGVSFVIAFE SERERNAAIM LARRFACDCN VTLAGPEDRT ETGQSP |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)