AT2G26670.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Plant haem oxygenase (decyclizing) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a plastid heme oxygenase necessary for phytochrome chromophore biosynthesis and for coupling the expression of some nuclear genes to the functional state of the chloroplast. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
REVERSAL OF THE DET PHENOTYPE 4 (TED4); FUNCTIONS IN: heme oxygenase (decyclizing) activity, heme binding; INVOLVED IN: regulation of meristem growth, heme oxidation, red, far-red light phototransduction, chloroplast-nucleus signaling pathway, phytochromobilin biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Haem oxygenase-like, multi-helical (InterPro:IPR016084), Haem oxygenase-like (InterPro:IPR016053), Haem oxygenase (decyclizing), plant (InterPro:IPR016951); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: heme oxygenase 3 (TAIR:AT1G69720.1); Has 616 Blast hits to 616 proteins in 143 species: Archae - 0; Bacteria - 178; Metazoa - 207; Fungi - 2; Plants - 113; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 116 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:11341816..11343394 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32693.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 282 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAYLAPISSS LSIFKNPQLS RFQFSSSSPN PLFLRPRIQI LSMTMNKSPS LVVVAATTAA EKQKKRYPGE SKGFVEEMRF VAMRLHTKDQ AKEGEKETKS 101: IEERPVAKWE PTVEGYLRFL VDSKLVYDTL ELIIQDSNFP TYAEFKNTGL ERAEKLSTDL EWFKEQGYEI PEPTAPGKTY SQYLKELAEK DPQAFICHFY 201: NIYFAHSAGG RMIGRKVAER ILDNKELEFY KWDGELSQLL QNVREKLNKV AEEWTREEKN HCLEETEKSF KYSGEILRLI LS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)