AT2G26420.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.986 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase. Exclusively expressed in roots. Essential for root hair growth. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase 3 (PIP5K3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core, subgroup (InterPro:IPR016034), Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, plant (InterPro:IPR017163), MORN motif (InterPro:IPR003409), Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core (InterPro:IPR002498); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase 1 (TAIR:AT1G21980.1); Has 28139 Blast hits to 7953 proteins in 632 species: Archae - 0; Bacteria - 4176; Metazoa - 4166; Fungi - 427; Plants - 2573; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 16797 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:11239434..11242239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 80138.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 705 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQETVFLFTE ENLNKEQSLG VKYKQSSRRV VPMTSCEVSD TAAEIRIVEK VLKNGDLYNG GLSAGVPHGT GKYLWSDGCM YEGEWTRGKA SGKGRFSWPS 101: GATYEGQFKD GRMDGEGTFI GIDGDTYRGH WLWGRKHGYG EKRYANGDGY QGNWKANLQD GNGRYVWSDG NEYVGEWKNG VISGKGKMTW ANGNRYDGLW 201: ENGAPVGKGV LSWGEEKTSY NGWGRKSKKK DEEIVQNHKL SSVETLSANT NFPRICISEL EDTGVCDHVE ASPYTSESDT SGCGEQEWAR SPLLLESGGA 301: MSVQQSPRWL DEGDVKKPGH TVTAGHKNYD LMLNLQLGIR YSVGKHASLL RELRHSDFDP KDKQWTRFPP EGSKSTPPHL SAEFKWKDYC PIVFRHLRDL 401: FAIDQADYML AICGNESLRE FASPGKSGSA FYLTQDERYM IKTMKKSEIK VLLKMLPNYY EHVSKYKNSL VTKFFGVHCV KPVGGQKTRF IVMGNLFCSE 501: YRIHKRFDLK GSSHGRTIDK DEGEIDETTT LKDLDLKYVF RLETSWFQAF INQIDLDCEF LEAERIMDYS LLIGLHFRES GMRDDISLGI GRRDQEDKLM 601: RGNGPLMRLG ESTPAKAEQV SRFEEETWEE DAIDNSNPKG TRKEAVEVIL YFGVIDILQD YDITKKLEHA YKSLHADPAS ISAVDPKLYS RRFRDFINKI 701: FIEDK |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)