AT2G25410.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.881 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT2G46495.1); Has 9108 Blast hits to 9082 proteins in 297 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2133; Fungi - 633; Plants - 5126; Viruses - 43; Other Eukaryotes - 1173 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:10814470..10815917 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42391.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 377 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTSKLLPLLL NLIFLFFFPL LNASEQKPCY SFSCSQESVV ARFPFSLFSY QPESCGYSGF NLICKDDANT TLKLPKSEPF LVKEIDYETQ RIRLNDPENC 101: LARRLLNFDP SGSPFSFLRS RNYTFLICPK EANITASFRA IDCLGNTTSS FFVVQFENLG SMPSSCHIFK ILPLPFSWFV AYTTYPDGQN SRDMWLKWDS 201: PDCRDCERRT NSRCGFKNNT SHQVECFSSV NPGLHNTGLQ VLKIMCLSLV GPLTALTFCV GLVMCSSERV SSQIQQAVVA RLSGSVTSQP SNEVARIGLD 301: ESTIESYKKV ELGESRRLPT GSNDVVCPIC LSEYATKETV RCLPECEHCF HTECIDAWLK LHSSCPVCRS NPSPLRD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)