AT2G25340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : vesicle-associated membrane protein 712 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Member of Synaptobrevin-like AtVAMP7C, v-SNARE protein family. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
vesicle-associated membrane protein 712 (VAMP712); INVOLVED IN: transport, vesicle-mediated transport; LOCATED IN: vacuolar membrane, membrane; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: LP.04 four leaves visible, 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage, LP.08 eight leaves visible; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Longin (InterPro:IPR010908), Longin-like (InterPro:IPR011012), Synaptobrevin (InterPro:IPR001388); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: vesicle-associated membrane protein 713 (TAIR:AT5G11150.1); Has 2449 Blast hits to 2448 proteins in 267 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 945; Fungi - 513; Plants - 550; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 438 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:10792664..10793832 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24967.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 219 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSILYALVAR GTVVLAELST TSTNASTIAK QILEKIPGNG DSHVSYSQDR YVFHVKRTDG LTVLCMADED AGRRIPFSFL EDIHQRFVRT YGRAIHSAQA 101: YAMNDEFSRV LNQQIEYYSN DPNADTISRI KGEMNQVRDV MIENIDNILD RGERLELLVD KTANMQGNTF RFRKQTRRFN NTVWWRNCKL TLLLILVLLV 201: IIYIGVAFAC HGPTLPSCV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)