AT2G24740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SET domain group 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a SU(VAR)3-9 homolog, a SET domain protein (Homology Subgroup V; Orthology Group 1). Known SET domain proteins are involved in epigenetic control of gene expression. There are 10 SUVH genes in Arabidopsis and members of this subfamily of the SET proteins have an additional conserved SRA domain. This protein is a putative histone methyltransferase (predicted to methylate H3K9/20) related to the the Drosophila Su(var)3-9 and mammalian G9a proteins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SET domain group 21 (SDG21); FUNCTIONS IN: histone methyltransferase activity; INVOLVED IN: regulation of gene expression, epigenetic; LOCATED IN: nucleus; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SET domain (InterPro:IPR001214), AT hook, DNA-binding motif (InterPro:IPR017956), SRA-YDG (InterPro:IPR003105), Pre-SET zinc-binding sub-group (InterPro:IPR003606), Pre-SET domain (InterPro:IPR007728), Post-SET domain (InterPro:IPR003616); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SU(VAR)3-9 homolog 7 (TAIR:AT1G17770.1); Has 4288 Blast hits to 4094 proteins in 395 species: Archae - 0; Bacteria - 274; Metazoa - 2162; Fungi - 458; Plants - 1048; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 342 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:10529690..10531957 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 84532.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 755 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVSTPPTLLM LFDDGDAGPS TGLVHREKSD AVNEEAHATS VPPHAPPQTL WLLDNFNIED SYDRDAGPST GPVHRERSDA VNEEAHATSI PPHAPPQTLW 101: LLDNFNIEDS YDRDAGPSTS PIDREASHEV NEDAHATSAP PHVMVSPLQN RRPFDQFNNQ PYDASAGPST GPGKRGRGRP KGSKNGSRKP KKPKAYDNNS 201: TDASAGPSSG LGKRRCGRPK GLKNRSRKPK KPKADDPNSK MVISCPDFDS RITEAERESG NQEIVDSILM RFDAVRRRLC QLNYRKDKIL TASTNCMNLG 301: VRTNMTRRIG PIPGVQVGDI FYYWCEMCLV GLHRNTAGGI DSLLAKESGV DGPAATSVVT SGKYDNETED LETLIYSGHG GKPCDQVLQR GNRALEASVR 401: RRNEVRVIRG ELYNNEKVYI YDGLYLVSDC WQVTGKSGFK EYRFKLLRKP GQPPGYAIWK LVENLRNHEL IDPRQGFILG DLSFGEEGLR VPLVNEVDEE 501: DKTIPDDFDY IRSQCYSGMT NDVNVDSQSL VQSYIHQNCT CILKNCGQLP YHDNILVCRK PLIYECGGSC PTRMVETGLK LHLEVFKTSN CGWGLRSWDP 601: IRAGTFICEF TGVSKTKEEV EEDDDYLFDT SRIYHSFRWN YEPELLCEDA CEQVSEDANL PTQVLISAKE KGNVGRFMNH NCWPNVFWQP IEYDDNNGHI 701: YVRIGLFAMK HIPPMTELTY DYGISCVEKT GEDEVIYKGK KICLCGSVKC RGSFG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)