AT2G23830.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.980 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : PapD-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
PapD-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: structural molecule activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: stem; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: PapD-like (InterPro:IPR008962), Major sperm protein (InterPro:IPR000535); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: vesicle associated protein (TAIR:AT3G60600.1); Has 878 Blast hits to 874 proteins in 197 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 305; Fungi - 130; Plants - 374; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 69 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:10143646..10144511 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17093.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 149 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSNNELLEIE PMYLQFPFEL KKQMSCSLYL TNKTDNNVAF KVKTTNRNNY CVRPNYGLIL PKSTCKVLVT MQAQKEVPSD MQSFEKFMIQ SVLASPGVTA 101: KEVTREMFSK ESGHVVEETK LRVTYVCSTT TNITSSPRTR RGFIFQCFC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)