AT2G23410.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.990 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : cis-prenyltransferase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes cis-prenyltransferase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cis-prenyltransferase (CPT); FUNCTIONS IN: dehydrodolichyl diphosphate synthase activity; INVOLVED IN: dolichol biosynthetic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site (InterPro:IPR018520), Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like (InterPro:IPR001441); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Undecaprenyl pyrophosphate synthetase family protein (TAIR:AT5G58780.1); Has 9228 Blast hits to 9165 proteins in 2782 species: Archae - 287; Bacteria - 5302; Metazoa - 204; Fungi - 266; Plants - 216; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2953 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:9966247..9967741 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34977.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 303 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLSLLSSDSS LLSLLFLFLI PCLFITSYIG FPVFLLKLIG LIKIKAARDN EKRDEGTYVV REDGLQRELM PRHVAFILDG NRRWAKRAGL TTSQGHEAGA 101: KRLIDIAELC FELGVHTVSA FAFSTENWGR DKIEIDNLMS LIQHYRNKSN IKFFHRSEVR VSVIGNKTKI PESLLKEIHE IEEATKGYKN KHLIMAVDYS 201: GKFDIMHACK SLVKKSEKGL IREEDVDEAL IERELLTNCS DFPSPDLMIR TSGEQRISNF FLWQLAYSEL FFSPVFWPDF DKDKLLEALA SYQRRERRFG 301: CRV |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)