AT2G22690.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
7-day old Arabidopsis seedling (no marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : zinc ion binding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
zinc ion binding; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), CTLH, C-terminal LisH motif (InterPro:IPR006595), LisH dimerisation motif (InterPro:IPR006594), Ran binding protein-like, CRA domain (InterPro:IPR013144); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: LisH/CRA/RING-U-box domains-containing protein (TAIR:AT4G37880.1); Has 761 Blast hits to 757 proteins in 194 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 327; Fungi - 206; Plants - 137; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 91 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:9649820..9650965 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43652.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 381 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MELKNVKDAF DRVTKKQKLC YSKTHEVVDK MSQEIDKALK TIQEDNHESV VADLKKTFEE IAPINLLEAS QKEINGVLTK YPKALDKTLN PDISTAYRNV 101: KFDTHTVHQI LAQFFYRQGM YDVGDCFISE TGEVKPESSV TKAFMEMNMI LEAMKERDLG PALKWVASNS DKLKEAKSDL ELKLHSLHFL EIAKDKTSEE 201: AINYARKHFA TYSADSCCFP EIQKLMCSLL WIRNLNKSPY SEFLSPVLWT NAAKELTRQY CILLGESPES PLSVTVAAGS QVLPTFLKYL NVLPEKRKEW 301: QTMEQLLVPV ELSEEYRFYS VFVCPVSKEH SSEDNPPMRL ACGHVLCKQS INRMSRNGSR SFKCPYCPTD IDASQCKQLY F |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)