AT2G22450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : riboflavin biosynthesis protein, putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
riboflavin biosynthesis protein, putative; FUNCTIONS IN: 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase activity, GTP cyclohydrolase II activity; INVOLVED IN: riboflavin biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: GTP cyclohydrolase II (InterPro:IPR000926), Riboflavin biosynthesis protein RibA (InterPro:IPR016299), DHBP synthase RibB (InterPro:IPR000422), DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain (InterPro:IPR017945); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GTP cyclohydrolase II (TAIR:AT5G64300.1); Has 11284 Blast hits to 11282 proteins in 2317 species: Archae - 207; Bacteria - 6851; Metazoa - 1; Fungi - 301; Plants - 119; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3805 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:9530654..9532691 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52202.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 476 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASLTLRCDS THLLPSRDVV KGTKPFGTSL VYPRIISKKF NVRMRVIPEE GDVFSSSKSN GSSMGIELQP DLVSFGTLAA EMIPTTMDSP EVEDEEFDLD 101: RPTDGFASIP QAIEDIRHGK MVVVVDDEDR ENEGDLIMAA SLATPEAMAF VVKHGTGIVC VSMKGEDLER LELPLMVTRK DNEEKLRTAF TVSVDAKKGT 201: STGVSARDRA QTILTLASKD SKPEDFNRPG HIFPLRYREG GVLKRAGHTE ASVDLTVLAG LEPVSVLCEI VDDDGSMARL PRLRQFAQEN NLKLISIADL 301: IRYRRKRERL VEFTAVAPIP TMWGPFKAHC FKSLLDGVEH IAMVKGEIGD GKDILVRVHA ECITDDIFGN SSGGKQLAIA MRLIEENGRG VFVYLRGPES 401: KGIDLSHKPR TYNTNSDQAE GVSFPVASRE YGIGAQILRD LGVREMKVMT NNPAHYVGLK GYGLSISGKV PLITTP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)