AT2G21790.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ribonucleotide reductase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes large subunit of ribonucleotide reductase involved in the production of deoxyribonucleoside triphosphates (dNTPs) for DNA replication and repair | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ribonucleotide reductase 1 (RNR1); FUNCTIONS IN: ribonucleoside-diphosphate reductase activity, ATP binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion, DNA replication, deoxyribonucleoside triphosphate biosynthetic process; LOCATED IN: ribonucleoside-diphosphate reductase complex; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal (InterPro:IPR013509), Ribonucleoside-diphosphate reductase, alpha subunit (InterPro:IPR013346), ATP-cone (InterPro:IPR005144), Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal (InterPro:IPR000788), Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal (InterPro:IPR008926); Has 15326 Blast hits to 14804 proteins in 2790 species: Archae - 206; Bacteria - 6388; Metazoa - 177; Fungi - 215; Plants - 88; Viruses - 606; Other Eukaryotes - 7646 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:9293529..9297580 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 91820.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 816 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MYVVKRDGRQ ETVHFDKITA RLKKLSYGLS SDHCDPVLVA QKVCAGVYKG VTTSQLDELA AETAAAMTCN HPDYASLAAR IAVSNLHKNT KKSFSETIKD 101: MFYHVNDRSG LKSPLIADDV FEIIMQNAAR LDSEIIYDRD FEYDYFGFKT LERSYLLKVQ GTVVERPQHM LMRVAVGIHK DDIDSVIQTY HLMSQRWFTH 201: ASPTLFNAGT PRPQLSSCFL VCMKDDSIEG IYETLKECAV ISKSAGGIGV SVHNIRATGS YIRGTNGTSN GIVPMLRVFN DTARYVDQGG GKRKGAFAVY 301: LEPWHADVYE FLELRKNHGK EEHRARDLFY ALWLPDLFME RVQNNGQWSL FCPNEAPGLA DCWGAEFETL YTKYEREGKA KKVVQAQQLW YEILTSQVET 401: GTPYMLFKDS CNRKSNQQNL GTIKSSNLCT EIIEYTSPTE TAVCNLASIA LPRFVREKGV PLDSHPPKLA GSLDSKNRYF DFEKLAEVTA TVTVNLNKII 501: DVNYYPVETA KTSNMRHRPI GIGVQGLADA FILLGMPFDS PEAQQLNKDI FETIYYHALK ASTELAARLG PYETYAGSPV SKGILQPDMW NVIPSDRWDW 601: AVLRDMISKN GVRNSLLVAP MPTASTSQIL GNNECFEPYT SNIYSRRVLS GEFVVVNKHL LHDLTDMGLW TPTLKNKLIN ENGSIVNVAE IPDDLKAIYR 701: TVWEIKQRTV VDMAADRGCY IDQSQSLNIH MDKPNFAKLT SLHFYTWKKG LKTGMYYLRS RAAADAIKFT VDTAMLKEKP SVAEGDKEVE EEDNETKLAQ 801: MVCSLTNPEE CLACGS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)