AT2G19500.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cytokinin oxidase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
It encodes a protein whose sequence is similar to cytokinin oxidase/dehydrogenase, which catalyzes the degradation of cytokinins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cytokinin oxidase 2 (CKX2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytokinin dehydrogenase 1, FAD/cytokinin binding domain (InterPro:IPR015345), FAD-binding, type 2 (InterPro:IPR016166), Oxygen oxidoreductase covalent FAD-binding site (InterPro:IPR006093), FAD-linked oxidase-like, C-terminal (InterPro:IPR016164), FAD linked oxidase, N-terminal (InterPro:IPR006094); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cytokinin oxidase 4 (TAIR:AT4G29740.2); Has 7392 Blast hits to 7387 proteins in 1327 species: Archae - 192; Bacteria - 4401; Metazoa - 106; Fungi - 1482; Plants - 576; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 635 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:8444311..8447301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55586.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 501 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANLRLMITL ITVLMITKSS NGIKIDLPKS LNLTLSTDPS IISAASHDFG NITTVTPGGV ICPSSTADIS RLLQYAANGK STFQVAARGQ GHSLNGQASV 101: SGGVIVNMTC ITDVVVSKDK KYADVAAGTL WVDVLKKTAE KGVSPVSWTD YLHITVGGTL SNGGIGGQVF RNGPLVSNVL ELDVITGKGE MLTCSRQLNP 201: ELFYGVLGGL GQFGIITRAR IVLDHAPKRA KWFRMLYSDF TTFTKDQERL ISMANDIGVD YLEGQIFLSN GVVDTSFFPP SDQSKVADLV KQHGIIYVLE 301: VAKYYDDPNL PIISKVIDTL TKTLSYLPGF ISMHDVAYFD FLNRVHVEEN KLRSLGLWEL PHPWLNLYVP KSRILDFHNG VVKDILLKQK SASGLALLYP 401: TNRNKWDNRM SAMIPEIDED VIYIIGLLQS ATPKDLPEVE SVNEKIIRFC KDSGIKIKQY LMHYTSKEDW IEHFGSKWDD FSKRKDLFDP KKLLSPGQDI 501: F |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)