AT2G19490.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : recA DNA recombination family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
recA DNA recombination family protein; FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: DNA repair, SOS response, DNA recombination, DNA metabolic process; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA recombination/repair protein RecA/RadB, ATP-binding domain (InterPro:IPR020588), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), DNA recombination/repair protein RecA, conserved site (InterPro:IPR020584), DNA recombination and repair protein RecA (InterPro:IPR013765), DNA recombination/repair protein RecA, monomer-monomer interface (InterPro:IPR020587); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein (TAIR:AT3G32920.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:8441732..8444006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46162.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 430 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARILRNVYS LRSSLFSSEL LRRSVVGTSF QLRGFAAKAK KKSKSDGNGS SEEGMSKKEI ALQQALDQIT SSFGKGSIMY LGRAVSPRNV PVFSTGSFAL 101: DVALGVGGLP KGRVVEIYGP EASGKTTLAL HVIAEAQKQG GTCVFVDAEH ALDSSLAKAI GVNTENLLLS QPDCGEQALS LVDTLIRSGS VDVIVVDSVA 201: ALVPKGELEG EMGDAHMAMQ ARLMSQALRK LSHSLSLSQT LLIFINQVRS KLSTFGGFGG PTEVTCGGNA LKFYASMRLN IKRIGLIKKG EETTGSQVSV 301: KIVKNKLAPP FRTAQFELEF GKGICKITEI IDLSIKHKFI AKNGTFYNLN GKNYHGKEAL KRFLKQNESD QEELMKKLQD KLIADEAADK ETESESEEED 401: SLRVVVSPDN TDDESPALVV GAAAVVVEAA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)